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edgeR是什么

2020-11-03 16:03:07

edgeR是R語言軟件包，主要用于DNA測序技術(shù)產(chǎn)生的計數(shù)數(shù)據(jù)差異分析。特別是設(shè)計用于RNA-Seq或SAGE數(shù)據(jù)的差異表達分析。

什么是DEXSeq

2020-11-03 16:00:36

DEXSeq是R語言軟件包，主要通過樣品之間RNA-seq外顯子計數(shù)實驗設(shè)計來發(fā)現(xiàn)外顯子的差異。

什么是DESeq2

2020-11-03 15:55:57

DESeq2是R語言軟件包，旨在用于高維計數(shù)數(shù)據(jù)的標準化可視化和差異分析。

Strelka2是什么

2020-11-03 15:53:01

Strelka2是一種快速，準確的小變異體調(diào)用程序，已用于分析小型隊列的種系變異和腫瘤/正常樣本對的體細胞變異。

如何配置topGO

2020-11-03 15:40:19

topGO是R語言軟件包，主要用于統(tǒng)計轉(zhuǎn)錄組的統(tǒng)計分析，包括靈活的差異表達分析。

Subread如何安裝

2020-11-03 15:37:24

一種通用的read對比軟件，它可以對比基因組DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于發(fā)現(xiàn)基因組突變，包括短插入缺失和結(jié)構(gòu)變異。

什么是VCFtools

2020-11-03 15:34:11

VCFtools是一種可以對VCF文件和BCF文件進行格式轉(zhuǎn)換及過濾的工具，其中很多過濾及計算功能可以自己使用perl或者python編寫腳本實現(xiàn)，但都不如這個工具的運算速度快。

SpeedSeq是什么

2020-11-03 14:58:13

SpeedSeq是一個快速基因組分析和注釋的靈活框架，發(fā)表在Nature Method上，封裝了大量基因組分析的軟件，比如比對軟件BWA，calling SNP軟件freebays，SV鑒定軟件lumpy等。

SeqTK是什么

2020-11-03 14:41:48

SeqTK是一種快速輕巧的工具，用于處理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以無縫解析FASTQ和FASTA文件，也可以選擇使用gzip對其進行壓縮。

SnpEff如何配置

2020-11-03 14:31:58

SnpEff是一款常用的突變位點注釋工具。這款軟件基于Java語言開發(fā)，安裝過程相對簡單，下載后解壓縮即可使用。

RSEM是什么

2020-11-03 14:22:16

RSEM是用于從RNA-Seq數(shù)據(jù)分析的軟件包。RSEM軟件包提供了用戶友好的界面，支持用于EM算法，單端和雙端讀取數(shù)據(jù)，質(zhì)量得分，可變長度讀取和RSPD估計的并行計算的線程。

randfold是什么

2020-11-03 14:06:59

randfold是一個獨立的基因測序相關(guān)軟件，它從原始序列開始隨機顯示其核苷酸順序。它根據(jù)改組后的序列計算推斷結(jié)構(gòu)的最小自由能（MFE），并多次重復(fù)計算以建立最小自由能（MFE）值的分布。

Picard是什么

2020-11-03 11:44:58

一組Java命令行工具，用于處理高通量排序（HTS）數(shù)據(jù)和格式。

什么是Oases

2020-11-03 11:11:49

Oases是一個轉(zhuǎn)錄組組裝器，旨在沒有任何基因組組裝的情況下從短讀測序技術(shù)生成轉(zhuǎn)錄本。

MISO是什么意思

2020-11-03 10:52:07

MISO（同工型混合物）是一種概率框架，可從RNA-Seq數(shù)據(jù)中定量分析可變剪接基因的表達水平，并鑒定樣品中差異調(diào)控的同工型或外顯子。通過從RNA-Seq中的同工型產(chǎn)生讀數(shù)的生成過程進行建模，MISO模型使用貝葉斯推斷來計算讀數(shù)源自同工型的可能性。

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