簡(jiǎn)介
Strelka2是一種快速，準(zhǔn)確的小變異體調(diào)用程序，已用于分析小型隊(duì)列的種系變異和腫瘤/正常樣本對(duì)的體細(xì)胞變異。
配置流程
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝相關(guān)依賴。
yum install-y wget tar bzip2 make libstdc++-static zlib-devel
2）安裝gcc8.3。
請(qǐng)參見https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安裝。
3）安裝boot1.69。
a.下載源碼。
wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.69.0/source/boost_1_69_0.tar.gz
b.壓縮并進(jìn)入源碼包。
tar-zxvf boost_1_69_0.tar.gz cd boost_1_69_0
c.編譯并安裝boost。
./bootstrap.sh&&./b2 install-j4
d.安裝“boost.build”。
cd tools/build ./bootstrap.sh&&./b2 install--prefix=/usr/local/boost
2.獲取源碼
獲取“Strelka2 v2.9.10”源碼包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/Illumina/strelka/releases/download/v2.9.10/strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
tar-jxvf strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2 cd strelka-2.9.10.release_src
2）生成makefile文件。
mkdir build&&cd build ../configure--prefix=/usr/local/strelka2
3）編譯安裝Strellka2。
make-j4&&make install
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
1）執(zhí)行測(cè)試用例。
cd/usr/local/src/strelka-2.9.10.release_src/src/demo bash/usr/local/strelka2/bin/runStrelkaGermlineWorkflowDemo.bash
執(zhí)行完畢后會(huì)在當(dāng)前文件夾生成“strelkaGermlineDemoAnalysis”目錄，目錄下有“runWorkflow.py”文件。
2）查看文件版本信息。
./strelkaGermlineDemoAnalysis/runWorkflow.py--version
出現(xiàn)如下回顯，表示Strellka2安裝成功。
2.9.10
