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云知識(shí) SnpEff如何配置 SnpEff如何配置 時(shí)間:2020-11-03 14:31:58 簡(jiǎn)介 SnpEff是一款常用的突變位點(diǎn)注釋工具。這款軟件基于Java語(yǔ)言開(kāi)發(fā),安裝過(guò)程相對(duì)簡(jiǎn)單,下載后解壓縮即可使用。 配置流程 1.配置編譯環(huán)境 1)安裝JDK1.8。 yum install-y來(lái)自:百科再次保存。 編譯和測(cè)試方式 1.選擇操作環(huán)境 本文選用華為鯤鵬云服務(wù)E CS KC1實(shí)例做測(cè)試 2.配置編譯工具 1)編譯TinyXML需要g++編譯器因此需要安裝g++。 yum install gcc-c++ -y 2)獲取源代碼。 3)執(zhí)行以下命令,獲取TinyXML軟件包。來(lái)自:百科
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對(duì)簡(jiǎn)單的任務(wù)(例如,將兩個(gè)間隔文件相交),但可以通過(guò)在UNIX命令行上組合多個(gè)bedtools操作來(lái)進(jìn)行相當(dāng)復(fù)雜的分析。 配置流程 1. 配置編譯環(huán)境 安裝相關(guān)依賴(lài)。 yum install zlib-devel bzip2-devel xz-devel -y 2. 獲取源碼 獲取“bedtools-2來(lái)自:百科基因,可以使用Ballgown,Cuffdiff或其他(DESeq,edgeR等)專(zhuān)用軟件來(lái)處理StringTie的輸出。 配置流程 1.配置編譯環(huán)境 安裝相關(guān)依賴(lài) yum install-y zlib zlib-devel 2.獲取源碼 獲取“stringtie-1.3.6”源碼包。來(lái)自:百科
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