Delly是一種集成的結(jié)構(gòu)變異（SV）預(yù)測(cè)方法，可以在短期讀取的大規(guī)模并行測(cè)序數(shù)據(jù)中以單核苷酸分辨率發(fā)現(xiàn)基因分型和可視化缺失、串聯(lián)重復(fù)、倒位和易位等缺陷。它使用配對(duì)末端，拆分閱讀和閱讀深度來敏感而準(zhǔn)確地描繪整個(gè)基因組的重排。
1.配置編譯環(huán)境
1）安裝相關(guān)依賴。
yum install-y autoconf boost boost-devel zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y
2）安裝HTSlib。
cd/usr/local/src wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2 tar-jxvf htslib-1.10.0.tar.bz2 cd htslib-1.10.2 ./configure make-j4 make install ln-s/usr/local/lib/libhts.so.3/usr/lib/libhts.so.3 sudo ldconfig
2.獲取源碼
獲取“delly-0.8.3”源碼包。
cd/usr/local wget https://github.com/dellytools/delly/archive/v0.8.3.tar.gz
3.編譯和安裝
1）解壓并進(jìn)入源碼包。
tar-zxvf v0.8.3.tar.gz&&cd delly-0.8.3
2）編譯Delly。
make all
3）設(shè)置軟連接。
ln-s/usr/local/delly-0.8.3/src/delly/usr/bin/delly
4.運(yùn)行和驗(yàn)證
查看Delly版本信息。
delly--version
出現(xiàn)類似如下回顯，表示Delly安裝成功。
Delly version:v0.8.3 using Boost:v1.53.0 using HTSlib:v1.10.2
